Em Hakodate, Kaito Kid anuncia o roubo de duas espadas ligadas ao tesouro secreto da família Onoe, despertando a atenção de Conan e Heiji, que participam de um torneio de kendo na cidade. Entre confissões amorosas atrapalhadas, rivalidades e perseguições, o mistério se intensifica quando um assassinato é descoberto e um espadachim mascarado entra em cena. O enigma das seis espadas de Eitatsu Higashikubo revela-se a chave para um tesouro capaz de mudar a história, dando início a uma batalha perigosa entre justiceiros, criminosos e herdeiros do passado.
