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Depois de passar o primeiro ano do ensino médio em paz e sossego, Haruka e Makoto encontram Nagisa, uma nova aluna que era membro de um clube de natação com eles quando eram crianças. Aquele clube de natação está sendo demolido, então os três entram sorrateiramente para desenterrar uma cápsula do tempo que enterraram nos fundos, quando se reencontram com Rin, o quarto integrante do grupo que partiu para estudar no exterior.

Makoto e Nagisa assistem com a respiração presa enquanto Haruka e Rin se envolvem em uma corrida intensa. No entanto, eles percebem que Rin parece ter mudado. Ao mesmo tempo, Nagisa se prepara para abrir um clube de natação com a ajuda da irmã de Rin, Gou.

O Iwatobi Swim Club precisa de mais um membro antes de poder participar dos revezamentos. Nagisa está de olho em seu colega Rei, que faz parte da equipe de atletismo. Apesar da recusa de Rei em entrar, Nagisa parece ter a intenção de recrutar Rei para o clube de natação.

O Iwatobi Swim Club tem uma lista completa agora. Quando eles começam a praticar, eles se deparam com alguns problemas. Depois que um certo membro afirma que a culpa é de seu maiô, o clube faz uma viagem para comprar novos trajes de banho.

Haruka e os outros membros do clube decidem realizar um campo de treinamento para se prepararem para a província. Cada membro segue seu próprio regime. No entanto, Rei está infeliz por ter ficado para trás e volta para o oceano à noite para praticar.

Há problemas na praia. Os quatro membros do clube de natação são forçados a rever a sua motivação para nadar. Depois que Rei pergunta a Makoto sobre seu comportamento estranho durante o campo de treinamento, Makoto conta a eles sobre seu passado.

À medida que as províncias se aproximam, Haruka e os outros membros do clube de natação continuam a melhorar. Enquanto isso, Rin revela suas motivações para nadar. Os nadadores agora devem mostrar o que conquistaram no torneio.

Haruka, Makoto, Nagisa e Rei nadam em suas provas individuais. Rin fica irritado ao se lembrar de vê-los nadar na escola primária. Depois, os quatro membros do Iwatobi Swim Club devem se preparar para o revezamento medley.