Shangri-La

Uma jovem, Kuniko Hojo, é libertada do centro de detenção feminina. Ela é pega por seus amigos e também por seus guardiões, Momoko, Miiko e Takehiko, e retorna para sua casa no Duomo. Kuniko está sendo preparada para ser a futura líder da Metal Age, uma organização de resistência que se opõe às políticas drásticas do governo em relação ao ambientalismo. Uma figura de alta autoridade, Lady Ryoko, é informada dos movimentos de Kuniko. Mikuni, uma garota nascida na aristocracia, usa as rodovias de Atlas como playground. Karin Ishida, um jovem gênio da informática, chantageia legalmente um político de um país do terceiro mundo para que ele assine um contrato bancário com sua empresa na Atlas, por exceder as emissões de carbono. Takehiko queima combustível de forma imprudente para comemorar o retorno de Kuniko, desafiando o governo. O Atlas Security Corps e os militares atacam repentinamente o Duomo. Kuniko e os membros do Metal Age defendem sua cidade. Eles percebem que Atlas os responsabiliza por um incidente desconhecido. Quando Kuniko usa seu bumerangue no Major Kunihito Kusanagi, ele atinge sua adaga, o que faz com que a adaga sagrada de Kuniko, Mikuni e Kunihito ressoe. Um momento depois, misteriosos pontos pretos aparecem acima do Duomo e começam a chover sobre todos, causando destruição em massa.

Os pontos pretos que chovem no Duomo fazem com que todos fujam, incluindo os seguranças e militares da Atlas. Após o fim dos ataques, Kuniko e os outros membros do Metal Age realizam uma operação de busca e resgate dos residentes do Duomo. Lady Ryoko fica furiosa com o ataque desconhecido e Leon, um de seus homens, se voluntaria para trazer uma equipe para investigar a origem. Enquanto isso, Kuniko, Momoko e Takehiko decidem investigar também o local de origem dos ataques: Ikebukuro. Sua equipe usa equipamentos de proteção para se proteger do denso oxigênio e do gás venenoso do pântano. Karin trabalha com vários de seus pares para controlar os investimentos e a economia de outros países. No entanto, ela fica de mau humor quando um de seus colegas posta um comentário supostamente sarcástico. Mikuni pune um de seus servidores por mentir, matando-a com seus poderes psíquicos. A equipe de Kuniko encontra um esquadrão militar enviado à selva de Ikebukuro para investigar. Eles são descobertos por Kunihito e fogem. Kuniko embosca Kunihito e o interroga sobre a presença dos militares e a ressonância de suas lâminas sagradas. Kunihito afirma não saber de nada e Kuniko foge. Os homens de Ryoko descobrem que o ataque de artilharia não emitiu dióxido de carbono, o que os leva a se perguntar se isso é um castigo da natureza para eles. Atlas inicia votação regular para permitir que moradores do Duomo morem na cidade e Miiko é uma das escolhidas. Ryoko consegue uma audiência com o senhor de Atlas, dizendo-lhe que os selos ressoaram.

Kuniko tem um sonho estranho com Atlas e descobre por sua avó, Nagiko, que sua mãe biológica morava em Atlas. Takehiko e outros membros do Metal Age atacam um trem de Atlas em busca de suprimentos. Kuniko, Momoko e amigos comemoram a partida de Miiko para Atlas. Momoko confia a Miiko a reabertura do Tropical Fish, um bar que recebe shows burlescos. Os residentes do Duomo discutem sobre a responsabilidade da Metal Age pelos ataques e seu papel geral. Kuniko se pergunta se todos ficariam felizes se pudessem morar em Atlas e decide ir para a cidade. Karin é informada por um colega que ela aparentemente mexeu com o coeficiente de carbono da Arábia Saudita, fazendo com que esta última arrecadasse menos dinheiro. Ela está confusa com o aparente aumento na economia do carbono. Os homens de Ryoko não encontram novos movimentos dos donos das lâminas do Sol e da Lua. Kuniko, Momoko e Takehiko entram furtivamente em Atlas falsificando identidades como trabalhadores da construção civil que se dirigem para a cidade. Miiko é recrutada à força para ser a substituta de Mikuni. Kuniko é descoberta enquanto passava por um posto de controle na coluna de apoio de Atlas e o grupo foge. Eles são perseguidos pelos seguranças, mas felizmente ocorre um terremoto e o grupo aproveita a distração para escapar. Kuniko se pergunta por que nem todos podem morar em Atlas, embora houvesse espaço suficiente para isso.

Kuniko reflete sobre a visão da Atlas e decide financiar uma rebelião contra a Atlas vendendo o estoque de grafite da comunidade (que é rico em carbono). Acompanhada por Momoko (apesar das objeções de Takehito), ela viaja para o mercado negro em Neo-Akihabara, um lugar ainda povoado por lojas de eletrônicos e otaku, onde encontra muitas figuras coloridas, algumas delas relíquias de nosso tempo. No Atlas, aprendemos que Miiko se tornou uma contratada de confiança para Mikuni. Enquanto isso, Karin e seus companheiros percebem que alguém está manipulando o mercado de carbono. Karin conclui que, para fazer isso, essa outra parte deve ter duplicado seu sistema de computador e concentra sua própria busca em Akihabara. Enquanto procura lá, ela percebe Kuniko (vista através de uma câmera de segurança).

Kuniko e Momoko encontram Kunihito, que se disfarça de otaku. Ele os ameaça para ficarem longe da área, mas os dois decidem segui-lo mesmo assim. Usando um simulador virtual fornecido pelos antigos lojistas otaku, Kuniko hackeia a câmera de segurança da loja para ver o que Kunihito está fazendo. Kunihito e Leon, um dos homens de Ryoko, questionam um lojista sobre quem pode ter comprado recentemente um nanochip específico. Depois de usar uma armadura mímica para subornar o proprietário, ele revela que uma empresa financeira americana chamada Serpent comprou uma. Kuniko descobre a presença de Karin. Miiko conta histórias sobre o sustento dos residentes do Duomo para Mikuni e a garota deseja sair de casa. Kuniko e Kunihito são forçados a um encontro por Momoko. A dupla questiona e critica os motivos de cada uma de suas facções. Ocorre uma chuva de bombas e os dois procuram abrigo. Kuniko e Kunihito se apresentam formalmente e aprendem mais sobre o estilo de vida um do outro, mas a conversa azeda e Kuniko ataca Kunihito com raiva e foge, perdendo seu bumerangue no processo. Kuniko traz de volta a amostra da armadura mímica para mostrar a sua avó e Takehiko. Karin fala com um ministro do governo, perguntando se ele quer derrubar Serpente.

Karin convence o governo japonês a usar o Kuwait como isca para atrair a Serpente, apesar de isso destruir a economia do país. Kuniko e Nagiko observam a manipulação do coeficiente de carbono. Kunihito pretende renunciar pela perda da amostra da armadura mímica, mas seu superior lhe diz que Atlas já o perdoou por esse erro. Ele recebe ordens de ir ao Palácio da Lua para encontrar Mikuni. Enquanto Mikuni questiona Kunihito sobre seus eventos recentes, Sayoko descobre que sua classificação no Atlas é secreta. Ela também descobre que a lâmina de sua família corresponde ao mesmo material e formato da lâmina sagrada de Mikuni. O senhor de Atlas, Hiruko, fica histérico com a ideia de encontrar as duas lâminas. O governo começa sua caça à Serpente. Após Serpent morder a isca, Kuniko, com a ajuda de Nagiko, a localiza originária de uma das ilhas das Maldivas. Ryoko obtém essas informações e as envia para a América. Kuniko descobre que a América lançou bombas termobáricas no local, apagando a ameaça da Serpente e estabilizando o mercado de carbono. Karin descobre que foi seu colega, Talsian, quem criou uma cópia da Medusa para as Maldivas, usando este incidente para ensinar cautela à Medusa original.

Os homens de Ryoko lançam um ataque furtivo ao Duomo, exigindo que Kuniko vá com eles. Tomoka se envolve e é levada junto com Kuniko. Ambas as meninas são levadas para o centro de detenção da bruxa Kuniko que foi libertada anteriormente. Ryoko assumiu o cargo de comandante da prisão para vigiar Kuniko. Kunihito quer questionar Kuniko, mas seu superior lhe diz que ela está sob custódia da autoridade da Atlas. Kuniko é constantemente intimidada por Rena e sua gangue, que apareceu no centro depois que Kuniko foi libertada. Depois de defender uma amiga de ser ameaçada, Kuniko descobre que Rena a intimida para obter a classificação Atlas oferecida por Ryoko. Kuniko briga com Rena e a derrota, mas ela assume a culpa quando Ryoko pune Rena por falhar em sua missão. Kuniko passa os próximos três dias sem comida e sem abrigo sob o céu. Tomoka revela a Rena que Kuniko assumiu a culpa por suas ações e acabou no centro de detenção há dois anos. No 3º dia, Ryoko fica impressionada com a resistência de Kuniko e lhe oferece um presente, dizendo que irá executá-la. Com isso, Kuniko finalmente desmaia e perde a consciência.

A autoridade da Atlas anuncia a execução iminente de Kuniko e todos abordam esta notícia com resultados mistos. Momoko visita Kuniko na prisão e lhe entrega comida preparada por Nagiko e um vestido para usar antes de sua execução. Tomoka relutantemente seduz o guarda para permitir que ela fale com Kuniko, mas é pega por Leon. No entanto, ele deixa Tomoka falar brevemente com Kuniko antes de encerrar a conversa, dizendo a ela que vai fingir que a conversa das duas garotas nunca aconteceu. Rena, Nao e os outros prisioneiros planejam algo subornando vários guardas ou improvisando vários materiais. Ryoko planeja fazer algo sobre o destino de Kuniko e Mikuni com a execução da primeira. Usando batom e suas roupas originais, Kuniko se prepara para a execução. De repente, Kuniko corta as armas dos guardas com nanofios do batom e foge com Tomoka em um balão de hidrogênio criado pelos prisioneiros, prometendo voltar para buscá-los um dia. Ryoko fica impressionada com o que Kuniko e os prisioneiros fizeram, mas ela faz com que os guardas matem todos os prisioneiros. Enquanto Kuniko e Tomoka voltam para casa com Momoko que os espera, ocorre um eclipse solar e Mikuni e seus servos brincam na estrada.